Jornal de tecnologia microbiana e bioquímica

Abstrato

Um perfil de expressão genética do sangue periférico no cancro colorretal

Chi-Shuan Huang, Harn-Jing Terng, Yu-Chin Chou, Sui-Lung Su, Yu-Tien Chang, Chin-Yu Chen, Woan-Jen Lee, Chung-Tay Yao, Hsiu-Ling Chou, Chia-Yi Lee, Chien-An Sun, Ching-Huang Lai, Lu Pai, Chi-Wen Chang, Kang-Hwa Chen, Thomas Wetter, Yun-Wen Shih e Chi-Ming Chu

Enquadramento: Foram avaliados marcadores moleculares ótimos para a deteção de cancro colorretal (CCR) num ensaio sanguíneo. A tecnologia de microarranjos mostrou um grande potencial na investigação do cancro colorretal. Os genes significativamente associados ao cancro em estudos de microarranjos foram selecionados como genes candidatos no estudo. O agrupamento de conjuntos de dados de microarranjos públicos da Internet pode ultrapassar a limitação do pequeno número de amostras em estudos anteriores. Objectivo: A utilização de conjuntos de dados públicos de microarranjos verifica os perfis de expressão genética para o cancro colorretal. Métodos: Foi realizada uma análise de regressão logística e foram determinadas as razões de probabilidade para cada gene entre o CRC e os controlos. Os conjuntos de dados de microarranjos públicos de GSE 4107, 4183, 8671, 9348, 10961, 13067, 13294, 13471, 14333, 15960, 17538 e 18105 incluíram 519 casos de adenocarcinoma e 88 controlos de mucosa normal, que foram utilizados para verificar os genes candidatos dos modelos logísticos e estimou a sua generalidade externa. Resultados: Um modelo de 7 genes de CPEB4, EIF2S3, MGC20553, MAS4A1, ANXA3, TNFAIP6 e IL2RB foi selecionado aos pares e apresentou os melhores resultados na análise de regressão logística (HL p = 1,000, R2 = 0,951, AUC = 0,999, precisão = 0,968 , especificidade=0,966 e sensibilidade=0,994). Conclusões: Um novo perfil de expressão genética foi associado ao CCR e pode potencialmente ser aplicado a ensaios de deteção baseados no sangue.