Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Uma comparação de proteínas e compostos fenólicos em sementes de soja OGM e não OGM

Savithiry S Natarajan*, Farooq H Khan, Davanand L Luthria, Mark L Tucker, QijianSong, Wesley M Garrett

A proteína de soja é um componente valioso e importante na dieta humana e animal. Aproximadamente 94% da soja plantada nos EUA é geneticamente modificada (GM) para melhorar a qualidade e a produtividade. Uma vez que as características de valor acrescentado estão continuamente a ser desenvolvidas através da modificação genética, é importante determinar se ocorrem alterações não intencionais nas sementes de soja GM. Nesta investigação, selecionámos três linhagens transgénicas diferentes, denotadas como evento 1,2 e 3, com uma única inserção de T-DNA de Agrobacterium tumefaciens que incluía genes para um gene selecionável de resistência a herbicidas (bar) e um repórter de β-glucuronidase (GUS). gene expresso utilizando um promotor duplo do vírus do mosaico da couve-flor 35S (CaMV) e um promotor da poligalacturonase da soja (Glyma12g01480), respetivamente. As estirpes transgénicas e não transgénicas isolina progenitora (controlo) foi utilizada para análise de compostos proteómicos e fenólicos. Proteínas de sementes foram separados por eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE). Dos cerca de 1300 pontos proteicos detetados por extrato proteico, foram selecionados 30 pontos para análise adicional com base nas diferenças determinadas por software (ANOVA) na sua abundância relativa nos géis proteicos para o controlo e três eventos. A análise estatística subsequente após a correção de Bonferroni indicou que a abundância de apenas duas das trinta manchas proteicas era significativamente diferente ao nível de 1% de probabilidade. Dois pontos proteicos, uma isoflavona redutase e uma proteína semelhante à quinina oxidoredutase, no evento 2 foram significativamente diferentes do controlo e dos outros dois eventos transgénicos. Todos os trinta spots proteicos foram analisados ​​e identificados por espectrometria de massa (MS), seguido de uma pesquisa nas bases de dados do NCBI utilizando o Mascot motor de busca. Para além das proteínas, foram analisadas duas classes de compostos fenólicos, isoflavonóides e ácidos fenólicos, por LC-MS. Os resultados não indicaram diferenças sistemáticas na quantidade ou no perfil de qualquer classe de compostos fenólicos no controlo ou em três eventos transgénicos.