Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Um estudo de caso sobre a descoberta do novo vírus citoplasmático da leprose dos citrinos tipo 2 utilizando pequenas bibliotecas de RNA por sequenciação de nova geração e análises bioinformáticas

Avijit Roy, Jonathan Shao, John S Hartung, William Schneider e RH Brlansky

O advento da tecnologia de sequenciação inovadora conhecida como Sequenciação de “Próxima Geração” (NGS), proporciona uma nova abordagem para identificar os agentes patogénicos virais ‘desconhecidos conhecidos’ e ‘desconhecidos desconhecidos’ sem conhecimento a priori. Os genomas dos vírus das plantas podem ser rapidamente determinados mesmo quando ocorrem em títulos extremamente baixos no hospedeiro infectado. O método baseia-se na sequenciação massivamente paralela da população de pequenas moléculas de RNA com 18 a 35 nucleótidos de comprimento, produzidas pelo silenciamento do RNA da defesa do hospedeiro. As melhorias na química, as ferramentas de bioinformática e os avanços na engenharia reduziram os custos do NGS, aumentaram a sua acessibilidade e permitiram a sua aplicação no campo da virologia vegetal. Nesta revisão, discutimos a utilização da plataforma Illumina GA IIX combinada com a aplicação de ferramentas de biologia molecular e bioinformática para a descoberta de um novo vírus citoplasmático da leprose dos citrinos (CiLV). Este novo vírus produziu sintomas típicos de CiLV, mas não foi detectado com ensaios serológicos ou baseados em PCR para o vírus anteriormente descrito. O novo genoma viral também esteve presente em baixos títulos na laranja doce (Citrus sinensis), uma importante cultura hortícola com recursos genómicos incompletos. Esta é uma situação comum na investigação hortícola e fornece um exemplo da utilidade mais ampla desta abordagem. Para além da descoberta de novos vírus, os dados da sequência podem ser úteis para estudos de evolução e ecologia viral e das interações entre os transcriptomas virais e do hospedeiro.